Комментировать

Я немножко не по этой части,

Я немножко не по этой части, поэтому стандартных тестов на разреженные матрицы не знаю, буду искать.

Но видеокарты имеют шанс провалиться - они заточены (несмотря на все shared-memory) на потоковое чтение из памяти и на независимые (друг от друга) вычисления. А с разреженными матрицами будет хуже, там же на каждом шаге ветвления.

Про МКЭ - если правильно элементы нумеровать, то часто удается свести к матрицам, где ненулевые элементы вдоль диагонали, что жизнь сильно упрощает.