Комментировать

Посмотрите пример в

Посмотрите пример в C:\ProgramData\NVIDIA Corporation\NVIDIA GPU Computing SDK\C\src\simpleCUFFT
там как раз проект готовый... у меня открывается, компилится и запускается сразу без проблем.... можно взять этот проект за основу.
Также полистайте небольшую документацию CUFFT... всего несколько функций + примеры
http://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/1_1/CUFFT_Library_1.1.pdf
примеры очень простые в конце... вот исходничок из документации + настроенный проект simpleCUFFT и тупо затолкать один массив на видюшку и вернуть фурье обратно, думаю, Вы сможете без проблем.