В журнале Вычислительные методы и программирование вышла статья А.С Боярченкова и С.И Поташникова: Использование графических процессоров и технологии CUDA для задач молекулярной динамики. Вот ее аннотация (полные тексты доступны по ссылке):

Рассмотрена параллельная реализация расчета парных межчастичных взаимодействий в методе молекулярной динамики при нулевых граничных условиях на графических процессорах с применением платформы NVIDIA CUDA. Впервые предложена эффективная реализация с использованием третьего закона Ньютона на основе технологии CUDA. Предложены приемы оптимизации кода. На видеокарте NVIDIA GeForce 8800 GTX по сравнению со скалярной версией на процессоре AMD Athlon64 2.1 ГГц достигнуто ускорение до 660 раз для системы из 49152 частиц.