Для gcc там уже прямо раскоментарено все. mpicc должен звать gcc

OpenMPI (пути) задаются в секции MPdir/MPinc/MPlib, тут не должно быть проблем. Стандартный HPL-2.0, во всяком случае, с OpenMPI работает.

Вместо MKL можно использовать GotoBLAS, тоже как в обычном HPL. Но сдается мне, что для процессоров с AVX сильно лучше будет MKL.

BTW, компилятор и библиотеки (включая MKL) интел раздает для Linux совершенно бесплатно т.е. даром.