Да там нет никакой настройки. OpenCL.DLL лезет в registry и смотрит какие реальные провайдеры зарегистрированы. Ну и пытается позвать их DLL-ки.
Настраивать ничего не надо.
ATI-шная версия должна работать вообще без карты, там в любом случае есть CPU-имплементация.

Что-то похожее на то, что вы описываете - я видел в ситуации, когда в пути было несколько разных atiocl64.dll (64 - потому что у меня 64-битная система).
Но если аккуратно поставить все с нуля (например ATI-шный SDK последней версии) - то просто берет и работает.